Situato in una delle più antiche zone della città, l'Oratorio sorge sull'area destinata alle sepolture, antistante la chiesa di S. Lucia, che era stata donata alla fraglia dei SS. Rocco e Lucia. Nel 1476 la Confraternita di S. Rocco acquisì un fabbricato per le riunioni del capitolo. Nel 1525 ebbe inizio le realizzazione dell'attuale edificio; i lavori terminarono nel 1542, anno in cui il vescovo benedì l'Oratorio.
L'edificio è costituito da due sale sovrapposte, con pianta a rettangolo irregolare ed è aperto su due lati. La sala inferiore rappresenta l'antica cappella con l'altare collocato sulla parete di fronte all'ingresso. Le pareti della sala inferiore sono completamente affrescate: le scene, che illustrano alcuni episodi della vita di San Rocco, sembrano svolgersi oltre un colonnato e le aperture della sala (finestre e oculi) sono incorporate nella composizione pittorica. Il ciclo, che alterna scene paesaggistiche, interni domestici, architetture, sormontate da fregi con decorazioni a grottesche, venne realizzato tra il 1536 ed il 1545 da Domenico Campagnola (Venezia 1500 - Padova 1564), Girolamo Tessari detto dal Santo (Padova 1480 circa - dopo il 1561), Gualtiero Padovano, Stefano Dall'Arzere (documentato a Padova dal 1540 al 1564). Nel 1697 sull'altare della sala del piano inferiore venne posta la pala con Madonna e Santi di Alessandro Maganza.
A seguito di lunghe trattative con lo Stato, l'Oratorio passò al Comune di Padova, che contribuì alle spese necessarie per i restauri che vennero eseguiti tra il 1926 ed il 1929. Venne rifatto l'intonaco della facciata, all'interno fu necessario procedere al rifacimento in cemento del soffitto delle volte, sul quale il pittore Cherubini riprodusse l'originaria decorazione. Interventi a sostegno delle travature vennero effettuati sul soffitto della sala inferiore. Una successiva campagna di restauri, per rispondere alle necessità più urgenti, si svolse nel 1950. In questa occasione furono staccati, puliti e ricollocati circa venti metri quadrati di affresco a destra dell'altare. La campagna avviata nel 1984 si è fondata su una serie di indagini preliminari, tese a documentare con analisi scientifiche lo stato di conservazione degli affreschi, nonchè i materiali e le tecniche utilizzati.
