L’attuale edificio venne edificato sul precedente impianto del complesso monastico di Santa Chiara, del 1621, voluto dai Ruggeri e dai Mumoli. Il monastero comprendeva la chiesa di Santa Chiara, inglobata nel resto dell’edificio. Mantiene tutt’oggi buona parte dei piani inferiori e le originarie strutture voltate del primo impianto. Di grande interesse sono i portali, all’interno e all’esterno dell’edificio. Durante i più recenti lavori di ristrutturazione, che ne hanno mutato totalmente l’assetto funzionale, sono stati rinvenuti alcuni affreschi del 1300, conservati al Museo Diocesano, raffiguranti una sequenza di santi. All'interno trovavano posto pregevoli statue marmoree raffiguranti San Francesco d’Assisi, Santa Chiara e la Madonna delle Grazie, ora collocate nel portico svevo, in Largo Duomo.
